De Abdij van Berne werd in 1134 door ridder Fulco van Berne gesticht in Berne aan de Maas, het tegenwoordige Bern (Gelderland). Hiermee is Berne de oudste nog bestaande kloostergemeenschap van Nederland. In Het Stichtingskroniekje van de Abdij van Berne staat hierover vermeld: “In het jaar des heren 1132 gebeurde het, dat Fulco van Berne achtervolgd werd en niet meer kon ontsnappen. Hij was van alle kanten omsingeld en deed toen de belofte aan God, dat als hij door Gods toedoen van zijn vijanden zou ontkomen, zijn kasteel te Berne tot een klooster zou maken. Hij wierp zich gewapend en te paard in de Maas en wist weldra de overkant te bereiken.” In het Museum voor Religieuze Kunst in Uden hangt een schilderij dat dit verhaal verbeeldt. De wapenspreuk van de Abdij luidt: Berna ut Lucerna (Berne als een Licht).
In eerste instantie probeerde Fulco augustijnen uit de Abdij Rolduc naar Berne te halen om tot een kloosterstichting te komen. De chaotische situatie die vervolgens binnen de kloostermuren ontstond, stemde hem echter niet tevreden en de augustijnen konden daarom huiswaarts keren. Fulco week niet van zijn belofte af en in 1134 ondernam hij een tweede poging met de orde van Prémontré, ook wel norbertijnen genaamd. Van de nabijgelegen norbertijnerabdij van Mariënweerd kreeg hij een abt en enige kloosterlingen toegezonden om zijn kasteeltje te Berne te bemannen. Ditmaal trad Fulco zelf toe tot de gemeenschap. Zijn vrouw, Bescela, koos voor een leven als religieuze in Berne en later in het norbertinessenklooster te Altforst dat aan de abdij verbonden was. Voogden van de abdij waren eerst de graven van Kleef. Vanaf 1248 namen de hertogen van Brabant deze taak over en in 1399 ten slotte de graven van Holland en de hertogen van Gelre.
In vergelijking met de in dezelfde tijd ontstane abdijen in Duitsland en België ging de Abdij van Berne, net als de moederabdij Mariënweerd, betrekkelijk laat over tot het verwerven van parochies. Na ongeveer een eeuw van bestaan veranderde de koers van Berne. De strikt monastieke fase kwam hier ten einde en de aandacht verschoof nu van werken in de abdij naar werken buiten de abdij. Niet alleen het wereldlijk gezag, maar ook het geestelijk gezag van de abdij nam toe en de abdij groeide uit tot een geestelijk en wereldlijk centrum in de regio. Dit was de tweede fase. Priesters werden naar parochies gestuurd en de parochies werden veelal met alle bijkomende rechten geschonken aan de abdij. Zo kwam Berlicum reeds in 1240 in bezit van de abdij. Heeswijk volgde in 1284. Later werden in 1285 Oudheusden, Elshout, Hedikhuizen, Vlijmen, Engelen toegevoegd en in 1369 ten slotte Bokhoven. In 1613 volgde Lithoijen, Haarsteeg in 1846 en in 1948 werd Middelrode aan de zorgen van de abt van Berne toevertrouwd. In 1964 werd ten slotte de Parochie Heikant-Quirijnstok in Tilburg aan de abdij overgedragen.
Naast parochies bezat de abdij een zestal uithoven. Dit waren drie grotere uithoven, ook wel proosdijen genoemd, te Altforst, Maarsbergen (beiden geschonken door Fulco in 1134) en Honswijk (gesticht in 1265) en drie kleinere uithoven Bernheze (schenking in 1196), Gaal en Mun (ca. 12e eeuw, nabij Schaijk) en Babyloniënbroek (ca. 13e eeuw).
Tijdens de Tachtigjarige Oorlog en tijdens het abbatiaat van de 38e abt, tevens de laatste abt die resideerde in Berne, werd in 1572 de abdij geplunderd door de benden van Lumey, de Geuzen, kort nadat zij op 1 april Den Briel hadden ingenomen. Op 25 september 1579 werd de abdij in brand gestoken. In 1648 vervielen de abdijgoederen aan de Staten van Holland. In de Grote of Sint-Janskerk in Gouda bevindt zich een glasraam dat door de abdij is geschonken in 1559. Het verbeeldt de aankondiging van de geboorte van Jezus.
De Norbertijnen trokken zich hierna terug in het refugiehuis van de abdij in de St. Jorisstraat en later in het Rijke Fraterhuis van de Broeders van het Gemene Leven te ‘s-Hertogenbosch. Ook daar werd het verblijf gehinderd. Na de belegering van ‘s-Hertogenbosch in 1649 week men onder andere uit naar het graafschap Bokhoven, Bedaf bij Uden, de verschillende parochies en naar de veiligere Zuidelijke Nederlanden en vonden ze een onderdak in Vilvoorde bij Brussel. Abt Jan Moors vestigde zich in 1629 te Heeswijk, waar de abten van Berne een slotje bezaten, het Slot Berne. Na 150 jaar maakte de Franse Revolutie een einde aan het verblijf in Vilvoorde. Tussen 1797 en 1857 was van enig abdijleven eigenlijk geen sprake. De norbertijnen-pastoors woonden verdeeld over de pastorieën en daar leidde de abdij een verborgen leven. Het Slotje in Heeswijk zou gedurende alle opeenvolgende perioden bewoond worden door norbertijnen, om uiteindelijk in 1857 de definitieve vestigingsplaats van de abdij te worden.
In de buurtschap Bern staat nog steeds het gotische brouwershuis van de abdij. Na verwoesting in de Tweede Wereldoorlog werd het brouwershuis herbouwd, maar het pand, dat niet wordt bewoond, heeft in recente tijden weer te lijden onder verval en onder begroeiing die de muren en daken van bijgebouwen en ommuring uit elkaar drukt.
Koning Willem I bevestigde in 1824 het onafgebroken bestaansrecht van de abdij. De paus deed hetzelfde in 1832. In 1857 werd de abdij definitief gevestigd in het Noord-Brabantse Heeswijk (tegenwoordig: Heeswijk-Dinther), waar in 1879 een abdijkerk werd gebouwd, gewijd aan O.L.V. Vrouw van Berne en St. Jan de Doper. Na het overlijden van de boerenapostel Gerlacus van den Elsen o.praem. werd deze kerk in 1927 met geld van de boeren uitgebreid door Hendrik Willem Valk. In de torenmuur hakte de beeldhouwer Jozef Cantré een hoeksteen met zijn beeltenis uit als eerbetoon aan deze boerenapostel. Architect Valk ontwierp ook de abdijpoort. Het nieuwe woongedeelte dateert uit 1999 en is een ontwerp van Architectenbureau Oomen. In 2006 onderging de binneninrichting van de kerk een grondige wijziging: de verschillende vloerniveaus werden over de gehele oppervlakte gelijk getrokken. Het tweede orgel verhuisde naar het balkon. De kerkbanken werden verwijderd en vervangen door stoelen. De kerk werd in een gele kleur in drie tinten geschilderd en voorzien van een nieuwe lichtinstallatie.
In 1886 werd het Gymnasium St. Norbertus opgericht, het tegenwoordige Gymnasium Bernrode. Dit was mede mogelijk door de verkoop van een honderdtal handschriften en oude boekdrukken uit de bibliotheek ten behoeve van de abdijkas door Gerlacus van den Elsen. De abdij zag veel van haar manuscripten verloren gaan, onder andere door in 1887 handschriften te laten veilen in Leiden. Uit dit voormalige bezit stamt bijvoorbeeld een prachtig verlucht getijden- en gebedenboek dat kort na 1456 in het Hertogdom Brabant vervaardigd is. De Koninklijke Bibliotheek is sindsdien in bezit van het graduale van abt Van Malsen. Rond 1920 startte de Abdij met de productie van hun liturgische uitgaven in een eigen drukkerij. Door ook zelf op te treden als uitgeverij en boekhandel konden zij hun religieuze boodschap geheel in eigen beheer uitdragen.
Vanaf de jaren zestig van de twintigste eeuw is de abdij een centrum van contestatie en roep naar vernieuwingen. Abt Ton Baeten (hij was abt van 1982 tot 2000 en overleed in 2018) werd het gezicht van een geestelijkheid die sympathiseerde met bewegingen zoals de Acht-Mei-beweging. De invloed van de abdij binnen de Katholieke Kerk in Nederland was echter in het begin van het 3e millennium afgenomen. De norbertijnen van Berne zijn nog altijd werkzaam in een aantal parochies in de buurt van de abdij.
In 2007 vierde de Abdij van Berne het 150-jarig bestaan in Heeswijk. Op dat moment woonden er 27 broeders en kanunniken (33 in 2005).
Op 1 maart 2007 werd Ward Cortvriendt gekozen als 70ste abt van Berne. Op 3 oktober 2009 vierde de Abdij Van Berne haar 875-jarig bestaan. In het kapittel van zondag 31 oktober deelde abt Ward Cortvriendt mee dat hij de abt-generaal van de Orde had verzocht hem van zijn functie te ontheffen. Hij had besloten voor een andere levensstaat te kiezen.
Op 10 januari 2013 kozen de norbertijnen de Tilburger Denis Hendrickx tot de 71ste abt van Berne. In januari 2019 werd hij herkozen voor een periode van 6 jaar. Hendrickx was o.a. pastoor van de parochie Heikant-Quirijnstok in Tilburg-Noord. Onder leiding van Herndrickx werd een begin gemaakt met het ontwikkelen van toekomstplannen voor de Abdij van Berne, met name om de financiële positie van de abdij te verbeteren. Met de realisatie van deze plannen is eind 2019 een begin gemaakt. Vanwege de coronacrisis zullen deze plannen in aangepaste vorm worden uitgevoerd.